Puyango es uno de los pocos remanentes de bosque seco tropical al suroeste del Ecuador donde las pendientes fuertes y las quebradas han conservado la vegetación natural propia y completa de este tipo de ecosistema y otras zonas de bosque secundario en recuperación.

Lo que en la actualidad es Puyango, fue antiguamente un mar; los fósiles más antiguos corresponden a organismos marinos. Este mar se secó, poblándose con bosques y animales, organismos que luego de cientos de años, debido a grandes cataclismos naturales quedaron sepultados bajo tierra. Finalmente, por movimientos geológicos propios de la corteza terrestre, estos restos salieron a la superficie nuevamente formando una muestra invaluable del pasado remoto del planeta. Los fósiles encontrados más recientes tienen 60 millones de años y los de mayor edad llegan hasta los 500 millones de años.